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Arrêts de travail pour raisons de santé et temps partiel thérapeutique : de nouvelles règles s’appliquent dans la fonction publique 07 septembre 2026

Le décret n°2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires a été publié au JORF du 31 juillet 2026.

Ce texte modifie les règles applicables aux agents publics (fonctionnaires et agents contractuels)en matière de temps partiel thérapeutique et de congés pour raisons de santé. Il introduit également de nouveaux droits pour certains agents placés en congé maladie. Ces dispositions concernent les trois versants de la fonction publique, dont la fonction publique territoriale. 

Sont ainsi modifiés :
  • Le décret n°87-602 du 30 juillet 1987 relatif à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux ;
  • Le décret n°88-145 du 15 février 1988 relatif aux agents contractuels de la fonction publique territoriale.

Temps partiel thérapeutique : Évolution de la procédure à compter du 1er août 2026

Pour mémoire, le temps partiel thérapeutique (TPT) permet à un agent, sur prescription médicale et après autorisation de son employeur, de reprendre ou de poursuivre son activité à temps partiel pour raison de santé. Le décret n°2026-705 du 29 juillet 2026 prévoit une évolution de la procédure afférente au temps partiel thérapeutique.

Pour toute demande de TPT à compter du 1er août 2026, y compris en cas de renouvellement, de nouvelles règles s’appliquent.

À noter : Seule la procédure est modifiée. Les conditions médicales d’accès au TPT, les quotités de travail, les règles de rémunération et de rechargement, ainsi que la durée maximale totale d’un an restent inchangées.

  • Introduction d’un délai de prise de décision
Jusqu’à présent, l’autorisation d’accomplir un service à temps partiel pour raison thérapeutique prenait effet à la date de la réception de la demande par l'autorité territoriale. Désormais, l’autorité territoriale dispose d’un délai de 30 jours maximum à compter de la date de réception de la demande pour prendre sa décision. En revanche, si cette demande est présentée à l’issue d’une période de congé de longue maladie (CLM), de longue durée (CLD), de congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) ou après une disponibilité pour raison de santé (DORS), la décision intervient au plus tard au jour de la reprise. Il en va de même en cas de renouvellement de l’autorisation (article 13-2 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987).

  • Durée du temps partiel thérapeutique
Jusqu’à présent, l’autorisation était accordée et, le cas échéant, renouvelée par période d’un à trois mois dans la limite d'une année. Désormais, l'autorisation de servir à temps partiel thérapeutique est accordée dans la limite d'une année, sans périodicité obligatoire.

  • Modalités de contrôle par un médecin agréé

Compte tenu de l’évolution de la durée d’autorisation du TPT, le recours au médecin agréé n'est plus systématiquement exigé pour les prolongations de temps partiel thérapeutique au-delà de 3 mois.
L'autorité territoriale conserve néanmoins la possibilité de solliciter à tout moment l'examen de l'agent par un médecin agréé, y compris lorsqu'elle examine la première demande.
L'absence injustifiée du fonctionnaire à cet examen vaut désistement de sa demande.

  • Encadrement des décisions de refus
Le refus opposé à une demande initiale ou de renouvellement, ainsi que l'interruption d'un TPT à l'initiative de l’autorité territoriale, devront être motivés. 
Lorsque ce refus ou cette interruption est fondé sur un motif tiré des nécessités de la continuité et du fonctionnement du service, il est précédé d'un entretien avec l'agent, qui pourra se faire assister par la personne de son choix. 
Lorsque ce refus repose sur un motif médical, la décision ne pourra intervenir qu'après avis préalable d'un médecin agréé.

  • Contestation des conclusions du médecin agréé devant le conseil médical
Désormais, lorsque l’agent ou l’autorité territoriale contestent les conclusions du médecin agréé en cours de temps partiel thérapeutique, les droits de l’agent à TPT sont maintenus jusqu’à ce que le conseil médical siégeant en formation restreinte ait rendu son avis (article 13-5 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987).



Arrêts de travail pour raisons de santé : Nouvelle procédure au 1er septembre 2026

Le décret transpose à la fonction publique plusieurs mesures récemment instaurées pour les salariés du secteur privé afin de sécuriser les prescriptions d'arrêt de travail et de renforcer les contrôles.

Ces mesures s’appliqueront au 1er septembre 2026.

  • Renouvellement d’un congé de longue maladie (CLM) et d’un congé de longue durée (CLD)
La saisine pour avis du conseil médical en formation restreinte est supprimée en cas de renouvellement d'un CLM et d’un CLD après épuisement de la période rémunérée à plein traitement (abrogation du 2° du I de l’article 5 du décret du 30 juillet 1987).

  • Utilisation obligatoire d'un certificat d'arrêt de travail sécurisé
Les avis d’arrêts de travail devront être établis au moyen d'un formulaire Cerfa sécurisé afin de lutter contre la fraude documentaire.
Cet avis d'interruption de travail peut être dématérialisé.
Le Cerfa sécurisé devra être présenté par l’agent, y compris : 
- ‎Pour l’octroi ou le renouvellement du CLM ou CLD ;
- ‎Pour l’octroi du CITIS en cas d’incapacité temporaire de travail.

  • Encadrement de la durée des prescriptions et des prolongations
Comme pour les salariés du secteur privé, la durée de la prescription d’arrêt de travail sera plafonnée à 31 jours pour une première prescription, puis 62 jours pour une prolongation.
Des dérogations seront possibles pour le prescripteur, au vu de la situation médicale de l’agent.
En cas de prolongation de l’avis initial d’arrêt de travail, le maintien de rémunération pendant l’arrêt sera poursuivi uniquement lorsque l’arrêt aura été prolongé par le prescripteur de l’arrêt initial (sauf dans les cas prévus par les articles L.162-4-4 et R.162-1-9-1 du Code de la sécurité sociale).

  • Durée du CLM et du CLD
Désormais, le CLM ou le CLD peut être accordé ou renouvelé, dans la limite de 6 mois, sur présentation d’un avis médical (contre une durée entre 3 et 6 mois jusqu’à présent).

  • Demande de CITIS
Lorsque l’accident de service, de trajet ou la maladie professionnelle entraîne une incapacité temporaire de travail, le certificat médical joint à la demande de CITIS doit être accompagné de l'avis d'arrêt de travail établi selon les modalités prévues à l'article R. 321-2 du Code de la sécurité sociale.

  • Renforcement des obligations et des contrôles administratifs
L'autorité territoriale pourra faire procéder au contrôle administratif de l'arrêt de travail du fonctionnaire placé en congé de maladie ordinaire (CMO), CLM, CLD ou CITIS par toute personne dûment habilitée à cet effet (article 26-1 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987).
Ce contrôle portera sur la présence du fonctionnaire à son domicile, ou à son lieu de repos s'il est différent, lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou durant les heures de présence obligatoire déterminées selon les modalités prévues à l’article R. 323-11-1 du Code de la sécurité sociale.
L'absence injustifiée du fonctionnaire ou son refus du contrôle entraînera l'interruption du versement de sa rémunération jusqu'à la date de fin de cet arrêt.
Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu comptera dans la période de congé en cours.

  • Interdiction d'exercer une activité rémunérée pendant un CMO ou un CITIS
L'interdiction d'exercer toute activité rémunérée est étendue aux agents placés en CMO et en CITIS, à l'exception des activités ordonnées et contrôlées médicalement par le médecin du travail au titre de la réadaptation et des activités de production des œuvres de l’esprit (article 28 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987).

  • Possibilité de réaliser ou de poursuivre une formation ou un bilan de compétences
Sous réserve d'un avis favorable du médecin agréé, le fonctionnaire bénéficiant d'un CMO, CLM, CLD ou d’un CITIS, peut demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétences afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. L'autorité territoriale se prononce sur cette demande dans un délai de 30 jours (article 31-2 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987).

  • Examen médical à distance
L'examen médical du fonctionnaire bénéficiant d’un CMO, CLM, CLD ou d’un CITIS, pourra être effectué à distance, au moyen d'un dispositif utilisant les technologies de l'information et de la communication, dans le respect des conditions prévues par le Code de la santé publique (article 34-1 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987).


Dispositif de visite de reprise : Nouveau droit au 1er janvier 2028

Le décret comporte également un dispositif de visite de reprise afin de favoriser le retour à l’emploi. Cette mesure de préparation à la reprise sera applicable à compter du 1er janvier 2028.Au cours de toute interruption de travail pour raison de santé dépassant 30 jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, pourra solliciter le médecin du travail, pour préparer et étudier, le cas échéant, les conditions et les modalités de la reprise du travail ou envisager des actions de formation (article 31-1 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987).

Le fonctionnaire sera assisté durant cette phase par une personne de son choix.


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